In den Harry-Potter-Büchern ist die Mysteriumsabteilung eine Abteilung innerhalb des Zaubereiministeriums, die sich auf verdeckte Forschung und möglicherweise auch Entwicklung konzentriert. Über die Funktionsweise der Mysteriumsabteilung innerhalb der allgemeinen Zauberergemeinschaft ist wenig bekannt, was die Abteilung zu anderen streng geheimen Regierungsabteilungen auf der ganzen Welt analog macht. Die Leser werden in die Mysterienabteilung von Harry Potter und der Orden des Phönix eingeführt.
Mitarbeiter der Mysteriumsabteilung werden „Unspeakables“ genannt. Wie andere Mitarbeiter geheimer Organisationen scheinen sie ein weitgehend geschlossenes und privates Leben zu führen und sind mit anderen Mitarbeitern des Ministeriums nicht freundlich oder aufgeschlossen. Die Qualifikationen, um ein Unspeakable zu sein, sind unbekannt, aber vermutlich sind Unspeakables sehr talentierte Forscher und Zauberer.
Um Zugang zur Mysteriumsabteilung zu erhalten, nehmen Zauberer einen Aufzug des Ministeriums in die neunte Ebene des riesigen unterirdischen Komplexes. Eine einzelne Tür öffnet sich zu einem großen runden Raum, der von mehreren Türen gesäumt ist. Wenn eine Tür geschlossen wird, dreht sich der runde Raum, so dass man nicht wissen kann, woher man kommt. In Harry Potter und der Orden des Phönix verwendet Hermine Granger sehr geschickt einen Zauberspruch, um große flammende „X“ an den Türen zu machen, so dass die Gruppe junger Zauberer den Überblick behalten kann, welche Türen sie bereits ausprobiert haben.
In der Mysteriumsabteilung befinden sich zahlreiche verschiedene Räume. Sie scheinen für die Erforschung komplexer Projekte und sehr fortgeschrittener Magie reserviert zu sein. Es ist auch möglich, dass die Mysteriumsabteilung potenziell gefährliche Gegenstände verbirgt. In einem der Räume ist eine Macht, die laut Albus Dumbledore „wunderbarer und schrecklicher als der Tod zugleich ist“, und dieser Raum wird immer verschlossen gehalten. Einige der Räume werden in Harry Potter und der Orden des Phönix, dem fünften Buch der Reihe, erforscht.
Einer der zentralen Räume in der Mysteriumsabteilung ist die Halle der Prophezeiung, die archivierte Prophezeiungen über die Zaubererwelt enthält, die in kleinen Glaskugeln aufbewahrt werden. Prophezeiungen können nur von den daran beteiligten Zauberern in Anspruch genommen werden. Ein anderer Raum enthält einen großen Tank voller Gehirne mit verknüpften Gedanken, während einer eine Reihe von Planeten enthält, die im Weltraum schweben. Zeitumkehrer und andere zeitbezogene Geräte werden in einem großen Raum aufbewahrt und während der Schlacht im Ministerium weitgehend zerstört. Die Charaktere besuchen auch einen Raum, der sich im fünften Buch auf den Tod zu konzentrieren scheint, mit einem mysteriösen Schleier, der an einem großen Torbogen hängt.