La principal diferencia entre un anticuerpo y una proteína es que, si bien todos los anticuerpos son proteínas, no todas las proteínas son anticuerpos. Las proteínas son una categoría general de moléculas grandes que sirven como unidades estructurales y funcionales para todos los organismos vivos de la Tierra. También son el depósito de 20 moléculas de aminoácidos esenciales en plantas y animales que son necesarios para la supervivencia humana, pero que el cuerpo humano no puede fabricar por sí solo a partir de otros precursores químicos. Los anticuerpos son un tipo especial de proteína en forma de Y que actúa como parte del sistema inmunológico, que contiene sitios receptores de unión especiales para sitios de antígenos en virus y bacterias, a partir de los cuales dichos organismos se reproducen. Cuando los anticuerpos están presentes en cantidades significativas, inhiben la reproducción de virus y bacterias en el cuerpo al unirse a los antígenos y desencadenan otras respuestas inmunes para garantizar la salud también.
Otra característica clave de un anticuerpo y una proteína que es fundamental en su función es cómo se pliegan o moldean las moléculas, ya que esto afecta su capacidad para unirse a otras moléculas e interactuar favorablemente en el entorno celular. Si bien un anticuerpo y una proteína pueden tener diferentes estructuras químicas, su arquitectura de pliegues puede ser similar en algunos casos, lo que afecta directamente el papel que desempeñan en cualquier momento del cuerpo. Las bases de datos actuales a partir de 2011 han identificado solo un número limitado de patrones de plegado reales que ocurren en la naturaleza, aunque, teóricamente, podría haber millones de combinaciones diferentes. Se estima que existen patrones de entre 1,233 y 1,393 veces para un anticuerpo y una proteína. Sin embargo, todos los anticuerpos adoptan una forma de Y única, con sitios receptores de aminoácidos específicos en la parte superior de la Y, donde ambas ramas de esta región pueden unirse a dos antígenos separados simultáneamente para inhabilitarlos.
Una diferencia clave entre un anticuerpo y una proteína es también la región a partir de la cual se producen. Si bien la síntesis de proteínas es un resultado natural de la combinación de secuencias de aminoácidos en varios tipos de células a partir del ácido desoxirribonucleico (ADN), los anticuerpos tienen métodos de producción más restringidos. Los anticuerpos a menudo se denominan inmunoglobulinas por su función de unión en el sistema inmunológico y estas moléculas generalmente solo son producidas por linfocitos B o estructuras de células B, también conocidas como glóbulos blancos o células plasmáticas, ubicadas en la médula ósea.
La clasificación general de un anticuerpo y una proteína también varía. Si bien existen al menos 100 tipos diferentes de moléculas de proteína y cumplen numerosas funciones moleculares, desde facilitar la actividad motora hasta la catálisis del ADN, los anticuerpos son monoclonales o policlonales. Los anticuerpos monoclonales pueden unirse a un solo antígeno específico y se producen naturalmente en el cuerpo en respuesta a invasores extraños. Los anticuerpos policlonales, por otro lado, se recolectan de la sangre de animales inmunizados y pueden diseñarse para unirse a una amplia gama de antígenos.
Los organismos estimulan naturalmente la producción de anticuerpos para protegerse de las infecciones, pero la ciencia médica también está muy involucrada en la creación de anticuerpos de investigación, y ahora existen grandes listas de catálogos de anticuerpos donde los laboratorios pueden solicitar los anticuerpos que necesitan para intereses de investigación particulares. El número de proveedores de anticuerpos policlonales en todo el mundo ascendía a al menos 180 empresas en 2011, muchas de las cuales tienen listas de más de 20,000 anticuerpos diferentes disponibles para la venta y envío, incluidos algunos anticuerpos monoclonales también.