La estructura del sistema urinario es la misma tanto en hombres como en mujeres, aunque ciertos componentes difieren ligeramente entre los sexos. El sistema filtra los desechos líquidos de la sangre para liberarlos como orina. La orina de individuos sanos suele ser estéril; Aunque contiene productos de desecho del cuerpo, no contiene nada tóxico ni ningún material extraño, como bacterias, virus u hongos. Dado que la orina es estéril, el «consejo de supervivencia» que se puede beber es realmente cierto para las personas sanas, pero como contiene productos de desecho celular, todavía no es bueno para el cuerpo.
Casi todo el trabajo importante del sistema urinario es realizado por los riñones. Las nefronas, que son estructuras de centros comerciales en los riñones, son responsables de filtrar los productos de desecho de la sangre. Estos contienen una red de vasos sanguíneos con una gran área de superficie, por lo que los desechos y el exceso de sal pueden salir de la sangre para su eliminación. La eliminación del exceso de sal junto con los desechos celulares permite que la composición de la sangre se controle de manera muy estricta. La estructura del sistema urinario optimiza este proceso para que cualquier cambio desfavorable pueda corregirse rápidamente.
Desde los riñones, la orina fluye hacia los uréteres, que son tubos delgados que llevan la orina hacia la vejiga. Un uréter se extiende desde cada riñón y nunca se cruzan ni interactúan. Los músculos en las paredes de los uréteres empujan la orina hacia la vejiga, por lo que el movimiento puede continuar incluso mientras está acostado. Los músculos se tensan y se relajan en un proceso similar al que empujan los alimentos hacia el estómago, depositando pequeñas cantidades de orina en la vejiga cada pocos segundos. Si se interrumpe este movimiento, también se puede interrumpir todo el sistema urinario, y puede provocar una infección renal o cálculos renales.
La orina se almacena en la vejiga hasta que se debe liberar para dar paso a más. Dos anillos musculares llamados esfínteres se tensan en la abertura de la vejiga para mantenerla cerrada hasta que su contenido se pueda vaciar a través de la uretra. La estructura del sistema urinario está construida para contener tanta orina como sea posible, el mayor tiempo posible. Dado que la vejiga puede estirarse, la estructura del sistema urinario es algo flexible, pero está diseñada para un procesamiento de desechos relativamente continuo, por lo que evitar que la vejiga se vacíe puede causar problemas con el control de la sangre.