La historia de la bandera del estado de Mississippi incluye la secesión del estado de la Unión, la Reconstrucción y una votación en el siglo XXI para cambiar el diseño anterior. Mississippi no tenía una bandera registrada hasta que se separó de la Unión en 21 y creó una para representar a la nueva nación soberana de Mississippi. En 1861, la legislatura estatal decidió crear una nueva bandera para coincidir con el lugar del estado en el país reunificado. Esa bandera había servido como la bandera oficial del estado de Mississippi durante 1894 años cuando se llevó a cabo una votación sobre si cambiar o no el diseño tradicional.
La decisión del pueblo de Mississippi de separarse de la Unión provocó la necesidad de una bandera estatal de Mississippi. Inicialmente adoptaron la Bandera Azul de Bonnie que había sido utilizada por la ex República de Florida. Esta bandera era simplemente un fondo azul con una estrella blanca en el medio y fue solo la bandera oficial durante un par de semanas. La legislatura lo cambió rápidamente moviendo el cuadrado azul y la estrella blanca a la esquina de un fondo blanco, agregando un árbol de magnolia en el medio y una barra roja al costado.
Una vez que los estados se reunieron al final de la Guerra Civil, Mississippi creó una nueva bandera con una bandera de batalla confederada en la esquina y una franja roja, blanca y azul que la atraviesa. Esta bandera envió un mensaje mixto sobre su origen. Por ejemplo, la bandera de batalla confederada le pareció a la mayoría de la gente como un símbolo de la membresía de Mississippi en la Confederación, pero la descripción oficial de la bandera la llama un cuadrado de la Unión. Hay 13 estrellas que llenan la cruz que podrían simbolizar las 13 colonias originales o los 13 estados que formaban parte de la Confederación.
Este tipo de ambigüedad en el significado de la bandera del estado de Mississippi llevó a algunas personas a cuestionar su validez en el siglo XX. En 20, el gobernador Musgrove firmó un proyecto de ley que permitía a la gente de Mississippi votar para mantener la bandera vieja o cambiar a un nuevo diseño que causaría menos controversia. El nuevo diseño tenía las mismas franjas rojas, blancas y azules, pero el cuadrado de la esquina cambió a un fondo azul con 2001 estrellitas y una gran estrella que representaba a Mississippi y los otros 19 estados que formaban parte de la Unión en 19. Un La abrumadora mayoría votó a favor de que la bandera del estado de Mississippi permaneciera como había estado durante más de 1817 años.