El sistema digestivo y la homeostasis del cuerpo humano están inextricablemente relacionados porque los humanos son heterótrofos ingestivos, lo que significa que se requiere que el cuerpo tenga un mecanismo para asimilar una fuente externa de alimento. Para que el sistema digestivo y la regulación de la homeostasis tengan éxito, los nutrientes esenciales de los alimentos que se consumen deben ser refinados y manipulados, y el «desgaste» de la estructura del sistema digestivo debe repararse y reponerse cuando sea necesario. Además, cada sistema corporal depende de la descomposición y asimilación de nutrientes para reparar, construir y mantener los tejidos. Una gran cantidad de procesos químicos, mecánicos y enzimáticos son responsables de la homeostasis del sistema digestivo.
El cuerpo realiza la digestión a medida que la comida se mueve a través del cuerpo en un sistema de órganos similar a un transportador que descompone la comida en un combustible aceptable para las células del cuerpo. El proceso comienza en la boca cuando las enzimas se introducen por primera vez a través de la saliva. Una de las conexiones más auspiciosas entre el sistema digestivo y la homeostasis es el mantenimiento del potencial de equilibrio de hidrógeno (pH) en el tracto digestivo. La homeostasis en el tracto digestivo se logra mediante la capacidad del cuerpo de cambiar drásticamente el pH de la saliva, que es ligeramente ácida, a un entorno gástrico altamente ácido que descompone los alimentos rápidamente y protege al cuerpo de las bacterias y otros patógenos. Aún más dramático es el cambio de pH a un entorno significativamente básico en el intestino delgado, que es necesario para que las enzimas específicas del intestino funcionen correctamente.
Otra conexión relevante entre el sistema digestivo y la homeostasis dentro del cuerpo es mantener una atmósfera hospitalaria para las bacterias útiles. La regulación del pH combinada con otros factores, como mantener una relación enzimática equilibrada, permite que la flora intestinal beneficiosa como acidophilus y bifidobacterium ayude al cuerpo a combatir las colonias bacterianas menos deseables que podrían causar infecciones y enfermedades potencialmente mortales. Las bacterias útiles tienen la capacidad de descomponer algunos carcinógenos y metabolitos de fármacos que han demostrado causar cáncer, una enfermedad que se propaga por la degradación severa del estado homeostático general dentro del cuerpo. Las bacterias útiles también producen vitamina K y otras diversas sustancias biológicas que el cuerpo es incapaz de producir por sí mismo.
La mayoría de los profesionales de la salud consideran que tener un equilibrio adecuado de enzimas, bacterias y pH es la conexión principal entre el sistema digestivo y la homeostasis. Los pacientes que toman decisiones de estilo de vida que promueven estas afecciones tienen más probabilidades de mantener un peso corporal saludable y estar bien alimentados. También tienen menos probabilidades de sufrir enfermedades graves, como cáncer y diabetes.