Hay una amplia gama de tipos de boyas que satisfacen necesidades que van desde la navegación básica hasta la recopilación de datos científicos. En todos los casos, generalmente es ilegal mover una boya o amarrarla, a menos que la boya sea una boya de amarre, diseñada específicamente para este propósito. Los marineros también informan que las boyas que se han extraviado o han quedado sin amarre como cortesía a otros navegantes y para garantizar la seguridad de la navegación.
Las marcas de mar son boyas de navegación. En este encabezado se incluyen varios tipos de boyas, incluidas las boyas para latas y monjas, que se utilizan para marcar los lados derecho e izquierdo de un canal de navegación. Las boyas de las latas son verdes, marcan el lado derecho del canal y se marcarán con números impares. Las boyas de las monjas son rojas, marcan el lado izquierdo del canal y están marcadas con números pares. Además de estas boyas de navegación básicas, también es posible encontrar marcadores de agua seguros, lo que indica que un pasaje está despejado, junto con boyas de propósito especial, que son amarillas y generalmente tienen información de advertencia. También se usan otros tipos de boyas en la navegación: los marcadores de canal preferidos son rojos o verdes en la parte superior, lo que indica qué lado del canal tiene preferencia, y los barcos usan los marcadores de rango para orientarse.
También hay varios tipos de boyas diseñadas para fines científicos. Las sonoboyas, por ejemplo, recopilan datos acústicos, lo que significa que también pueden usarse en la guerra antisubmarina. Las boyas meteorológicas recopilan datos sobre temperaturas, viento, oleaje, etc. para pronosticar, y las boyas de tsunami buscan específicamente las condiciones que podrían indicar un tsunami entrante o una fuerte tormenta.
Las boyas también se usan para marcar los peligros de navegación como bancos y rocas, en cuyo caso pueden tener luces, campanas o cuernos para asegurarse de que los marinos estén al tanto de ellos en condiciones climáticas adversas. Las boyas de marcado especiales también se pueden usar para indicar peligros como barcos hundidos. En áreas con mucho hielo marino, se pueden usar marcadores para indicar un canal claro a través del hielo; Estos marcadores también advierten a las personas en la superficie del hielo sobre agujeros en el hielo que podrían ser peligrosos para ellos.
Los buzos usan varios tipos de boyas por seguridad. Cuando los buzos están bajo el agua, vuelan una boya con la clásica bandera del buzo, un campo rojo con una franja blanca, y dicha bandera también puede volar desde un bote con buzos. Los buzos también pueden usar otras banderas de boya para indicar que pueden ser detenidos por descompresión, alertando a los barcos sobre el hecho de que las personas están bajo el agua, y deben mantenerse alejados.
Los militares también usan varios tipos de boyas. Las boyas se pueden utilizar para identificar campos minados, por ejemplo, junto con peligros potenciales como un área en la que se realiza un ejercicio militar. Las boyas también se utilizan en la guerra submarina, para rastrear submarinos y transmitir datos, y para marcar aguas territoriales. También puede ver boyas especializadas utilizadas por los pescadores para identificar cosas como trampas de langosta y redes submarinas.