El tracto digestivo humano comienza en la boca y se extiende hasta el ano. La flora intestinal se refiere a los microorganismos que residen en el tracto digestivo. Estos microorganismos son generalmente inofensivos. Su distribución varía a lo largo de la ubicación del intestino y entre individuos. Desempeñan un papel importante en el funcionamiento protector, estructural y metabólico del intestino.
Las bacterias son los microorganismos dominantes en el intestino. Dominan tanto el yeyuno como el íleon del intestino delgado distal, así como el intestino grueso. Las secreciones ácidas, pancreáticas y biliares evitan su colonización del estómago y el duodeno del intestino delgado proximal. Las bacterias aeróbicas, como los lactobacilos aeróbicos y los enterococos, son la flora intestinal dominante en el yeyuno, y el íleon y el intestino grueso están dominados por bacterias anaerobias como las bifidobacterias, Escherichia coli y lactobacilos anaerobios. En un intestino adulto puede haber algunas alteraciones en la población bacteriana cuando hay cambios en la edad, la dieta, el estilo de vida y el medio ambiente.
En condiciones normales, el huésped humano y su flora intestinal tienen una relación simbiótica en la que ambos son beneficiosos entre sí. El huésped humano proporciona alimento y un entorno estable para la flora intestinal. Mientras tanto, la flora intestinal proporciona beneficios a su huésped humano al prevenir la colonización de bacterias dañinas en el intestino, prevenir la inflamación intestinal, contribuir al desarrollo del sistema inmunológico, mejorar la absorción de alimentos y agua y sintetizar las vitaminas K y B12.
El crecimiento de bacterias dañinas se previene mediante el efecto barrera, lo que significa que la adherencia de la flora intestinal al revestimiento intestinal compite e inhibe la invasión de bacterias dañinas. Su papel en la prevención de la inflamación intestinal y en la contribución al desarrollo del sistema inmunológico se atribuye a la capacidad de la flora intestinal para estimular los tejidos linfoides del intestino para producir anticuerpos frente a bacterias dañinas. El crecimiento de los tejidos linfoides también puede deberse a la acción de los ácidos grasos de cadena corta, que son productos de la fermentación de los carbohidratos por parte de las bacterias. Además, los ácidos grasos de cadena corta controlan la proliferación y diferenciación de las células que revisten el intestino que ayudan a prevenir lesiones en el revestimiento del intestino.
Aparte de la fermentación de carbohidratos, las enzimas producidas por la flora intestinal también mejoran la absorción de carbohidratos. Estas enzimas digieren los carbohidratos en una forma de energía y nutrientes útiles para los humanos. Además, también se mejora la absorción de agua y minerales dietéticos como hierro, calcio y magnesio, que también son esenciales en las funciones metabólicas del cuerpo humano.