La gestation du cobaye dépend de la taille de la portée, des portées plus grandes augmentant le temps de gestation du cobaye. La période de gestation moyenne du cobaye varie entre 59 et 72 jours, et les portées comptent entre un et six petits, mais jusqu’à huit sont possibles. Certains éleveurs prédisent la gestation du cobaye en cherchant le nombre de jeunes dans l’estomac de la truie. Le mouvement peut également aider à déterminer la gestation, car ils commencent à donner des coups de pied et à bouger environ trois semaines avant l’accouchement.
La plupart des éleveurs de cobayes réputés déconseillent les femelles reproductrices jusqu’à ce qu’elles pèsent environ une livre (453 g) et aient entre cinq et neuf mois. Si elle est élevée trop jeune, la truie peut être physiquement inapte à porter et à mettre bas. Elle pourrait également manquer de maturité pour s’occuper de sa progéniture une fois qu’elle est née. Les truies plus âgées, au-delà de neuf mois, ne doivent pas non plus être accouplées pour la première fois. Après neuf mois, les os de la hanche d’un cobaye femelle peuvent fusionner, créant le besoin d’une césarienne.
Le processus d’accouchement réel prend entre une demi-heure et une heure, selon la taille de la portée. Pendant la période de gestation du cobaye, la truie ne fait pas de nid et ne se prépare pas à la mise bas. Les jeunes naissent généralement à l’aube ou au crépuscule lorsque les cobayes sont les plus actifs, mais la truie ne donne généralement aucun signe que la naissance est imminente. Elle accouche généralement d’un bébé cochon d’Inde toutes les cinq minutes environ.
Les femelles brisent les sacs entourant les nouveau-nés avec leurs dents immédiatement après la naissance afin qu’elles puissent respirer par elles-mêmes. Une fois toute la portée livrée, le placenta est expulsé et mangé par la truie avant qu’elle ne nettoie le sang et les déchets et lèche chaque nouveau cobaye. Après la plupart des accouchements de cochons d’Inde, la truie rassemble tous les bébés dans un coin de la cage, où elle les met sous elle pour les garder au chaud.
Les mâles doivent être retirés de la cage avant que la truie ne mette bas, car elle revient généralement en saison dans l’heure qui suit. Les autres truies gravides doivent également être isolées lorsque la gestation du cobaye touche à sa fin. Lorsqu’une truie commence le processus de mise bas, cela peut provoquer la mise bas prématurée d’autres cobayes gravides. Tout stress inhabituel pendant la gestation du cobaye peut également provoquer un avortement ou une naissance prématurée de bébés mort-nés.
Les cavies, ou cobayes, naissent avec des dents, des cheveux et des griffes, et sont capables de manger des aliments solides le jour de leur naissance. Ils allaitent toutes les deux heures environ, à tour de rôle sur les deux mamelles de la truie. Après le sevrage, qui survient généralement à trois à quatre semaines, les mâles doivent être séquestrés des femelles car ils deviennent fertiles et s’accoupleront avec la truie ou les femelles de la portée.