Le régime Atkins a obtenu à la fois un fort soutien et une forte opposition au fil des ans. Une partie de l’opposition résulte des effets secondaires désagréables ressentis par les personnes qui ont essayé le régime. Parmi les effets secondaires les plus courants du régime Atkins, citons les maux de tête, la fatigue et les crampes aux jambes. Les partisans du régime affirment que ces effets secondaires négatifs du régime ne durent généralement pas très longtemps et sont parfois compensés par les effets secondaires positifs du régime Atkins, tels qu’une augmentation de l’énergie.
Les développeurs du régime Atkins admettent que, généralement pendant la phase d’induction du régime qui est la fameuse phase de début restrictive, certaines personnes ressentent des maux de tête, des douleurs musculaires et de la fatigue. Ils attribuent ces effets secondaires temporaires du régime Atkins à un phénomène connu sous le nom de « retrait des glucides ». La constipation est également une préoccupation commune, probablement en raison du manque d’apport en légumes fibreux. Ils recommandent d’utiliser des substituts de fibres pendant la phase d’induction si la constipation devient gênante.
Les effets secondaires à court terme du régime Atkins qui sont le plus souvent dénoncés par les personnes à la diète eux-mêmes incluent tous ceux officiellement reconnus par Atkins, avec l’ajout de la mauvaise haleine, le manque d’énergie et d’endurance physiques et mentales, et la perte musculaire. Les crampes dans les jambes et les étourdissements sont également des problèmes assez courants qui peuvent être suffisamment inquiétants pour que certaines personnes à la diète finissent par arrêter le régime. La mauvaise haleine est souvent attribuée à l’excrétion de cétones, qui ont une odeur désagréable, et l’énergie physique et mentale réduite s’explique par le fait que le corps, et surtout le cerveau, préfèrent brûler les glucides pour que le carburant fonctionne le plus efficacement possible. Malgré le fait qu’Atkins affirme que la plupart de ces effets secondaires s’estompent après la phase d’induction initiale, de nombreuses personnes à la diète trouvent que certains effets secondaires désagréables persistent tout au long du régime ou sont incapables de supporter les effets secondaires assez longtemps pour tester si les problèmes finiront par disparaître.
Cependant, certaines personnes à la diète suivent le régime à long terme et subissent plus d’effets secondaires positifs que négatifs. Les effets positifs régulièrement cités comprennent une augmentation de l’énergie plutôt qu’une diminution de la pression artérielle et une baisse de la pression artérielle. Des effets secondaires négatifs à long terme peuvent survenir chez certaines personnes en raison de la restriction en vitamines et en minéraux contenus dans les aliments adaptés à Atkins. De plus, de nombreux critiques du régime alimentaire s’inquiètent de la quantité de graisses et de protéines animales consommées à partir de sources animales dans ce régime plutôt que de sources végétales, qui sont considérées comme plus saines pour le cœur. Les preuves scientifiques sur les avantages ou les risques à long terme du régime Atkins pour la santé sont quelque peu contradictoires et peuvent inclure une amélioration de la santé et de la qualité de vie jusqu’à un risque beaucoup plus élevé de maladie cardiaque.