Le chemin spirituel du Siddha Yoga est essentiellement basé sur la philosophie selon laquelle se concentrer sur le moi intérieur peut nous rapprocher de Dieu. Il s’inspire fortement des traditions spirituelles hindoues du shivaïsme du Cachemire et du Vedanta. Le Siddha Yoga est présenté par ses praticiens comme une spiritualité individuelle qui est souvent développée dans une communauté de croyants. Selon la perception individuelle de l’organisation, on l’appelle généralement soit un nouveau mouvement religieux, soit une secte.
Le Siddha Yoga est une combinaison de pratique quotidienne et d’enseignements transmis par un gourou. Les enseignements comprennent des instructions sur les philosophies de base de la découverte de soi, du service aux autres et du respect des traditions scripturaires de la religion hindoue. La pratique comprend la méditation, le chant et l’écoute de musique sacrée. Ces activités sont généralement entreprises dans des centres de méditation et lors de retraites, bien que certaines activités quotidiennes puissent également être pratiquées à la maison.
Un étudiant nouveau au Siddha Yoga sera généralement initié spirituellement avec une pratique connue sous le nom de shaktipat diksha. C’est un processus par lequel le gourou accueille un étudiant volontaire avec un geste symbolique tel qu’un toucher, un mantra ou un mot sacré. De cette façon, on pense que le gourou a pénétré et est entré dans l’esprit de l’étudiant. Certains adeptes de la méthode ont décrit ce processus comme l’aura du gourou enveloppant l’étudiant.
Swami Muktananda Paramahamsa a fondé le Siddha Yoga en Inde, sous la direction de son professeur spirituel Bhagawan Nityananda. Il a finalement ouvert plusieurs centres de méditation partout dans le monde. Il y a eu des centres au Japon, aux États-Unis, en Grande-Bretagne, en Australie et en France, parmi de nombreux autres pays. Le mouvement a eu tendance à se concentrer sur les plus grands ashrams de New York et de Ganeshpuri, en Inde. À la mort de Swami Muktananda en 1982, son disciple Gurumavi Chidvilasanada, qui était à l’origine connu sous le nom de Malti Shetty, a pris la direction spirituelle du mouvement Siddha Yoga.
Il y a eu une controverse sur les actions de certains gourous du Siddha Yoga et du mouvement en général. William Rodarmor en 1983 et Lis Harris en 1994 ont émis des doutes sur cette pratique dans plusieurs articles publiés. Depuis 1996, le site Web Leaving Siddha Yoga a également maintenu une voix très critique sur le mouvement et ses dirigeants. Les allégations contre le mouvement ont inclus des abus sexuels, le contrôle de l’esprit et des luttes intestines perturbatrices et inappropriées entre les gourous et leurs associés. Il y a également eu des profils principalement positifs du mouvement dans des articles de plusieurs magazines populaires.