Existem vários tipos de problemas com cobaias, alguns dos quais podem ser graves o suficiente para exigir cuidados veterinários. A doença gastrointestinal é comum entre os porquinhos-da-índia de estimação, assim como a remoção de pelos. Em alguns porquinhos-da-índia, a auto-mutilação, escolhendo pelos e peles, pode resultar em infecção. Isso pode ocorrer por inatividade ou tédio, dieta inadequada ou condições precárias de moradia. Os problemas da cobaia também podem envolver a infestação de ácaros, que podem ser transmitidos de um roedor para outro.
Os porquinhos-da-índia são animais domésticos comuns e, embora tendam a ser resistentes, são suscetíveis a certas doenças. Um dos problemas mais comuns da cobaia é inchaço e diarréia. Isso pode ser devido a infecção bacteriana ou parasitas. Qualquer que seja a causa, diarréia grave em um porquinho da índia pode levar à desidratação com risco de vida. Uma solução de hidratação oral é necessária nesse caso, e a modificação da dieta também pode ser recomendada.
Quando a dieta de um porquinho-da-índia é alterada abruptamente, o animal pode parar de comer completamente. Os problemas da cobaia relacionados à anorexia também podem ser fatais. Essa condição não é incomum em porquinhos-da-índia e a rápida perda de peso pode ser fatal se não for solicitada intervenção. Um veterinário pode recomendar exames de sangue para descartar a presença de doença.
Não é incomum que problemas com cobaias envolvam problemas dentários. Porquinhos-da-índia com molares crescidos podem sofrer deficiências nutricionais devido à relutância do animal em comer. Nesse caso, o veterinário pode achar necessário aparar os dentes do roedor. Os veterinários usam instrumentos especiais para examinar e aparar os dentes incisivos da cobaia.
Os donos de animais que têm porquinhos-da-índia mais velhos podem notar um odor desagradável na área retal do animal. Isso pode ser devido ao que é conhecido como impactação retal devido a fezes moles, uma condição comum em roedores mais velhos. A limpeza suave pode ajudar a remover a matéria fecal ao redor da área retal. Em alguns casos, no entanto, a cobaia pode precisar de tratamento por um veterinário.
Doenças respiratórias, como pneumonia, são comuns em cobaias mais velhas ou em animais com uma condição médica existente. A pneumonia bacteriana pode ser fatal se não for tratada imediatamente. Quando dois ou mais porquinhos-da-índia são alojados em uma gaiola, a infecção pode se espalhar rapidamente entre os roedores. É essencial desinfetar gaiolas e pratos de alimentação regularmente para evitar a propagação de doenças entre porquinhos da índia.