Os efeitos colaterais mais comuns da ressonância magnética são aqueles relacionados a ficar deitado em um pequeno espaço por um longo período de tempo e podem incluir tonturas, dores nas costas e fadiga. Efeitos colaterais mais sérios podem ocorrer como uma reação a qualquer meio de contraste usado para a ressonância magnética. Em circunstâncias muito raras, se um pedaço de metal estiver no corpo, a máquina de ressonância magnética pode forçar o objeto a se mover dentro do corpo, causando sérios danos. Este é um efeito colateral muito raro, pois existem precauções rigorosas para proteger contra esse tipo de acidente.
Normalmente, as pessoas experimentam efeitos colaterais de ressonância magnética que parecem ser causados pelos efeitos da ressonância magnética, mas na verdade são causados por ficarem muito imóveis por longos períodos de tempo. A tontura e as dores nas costas relatadas por alguns pacientes são quase certamente causadas por ficar deitado sobre uma superfície rígida por uma hora ou mais. A fadiga após uma ressonância magnética geralmente é causada pelo estresse relacionado à obtenção das imagens, que pode ser mais cansativo do que parece durante o procedimento. Os efeitos colaterais da ressonância magnética, como dores de cabeça, geralmente estão relacionados aos ruídos altos que se ouvem durante uma ressonância magnética e são mais comuns em pessoas que também apresentam enxaquecas.
Algumas pessoas apresentam efeitos colaterais leves de ressonância magnética, geralmente semelhantes a uma reação alérgica quando um meio de contraste é usado. Podem ocorrer efeitos colaterais muito graves de ressonância magnética quando um paciente tem insuficiência renal grave e é exposto a um meio de contraste contendo gadolínio. Este efeito colateral é uma doença chamada fibrose sistêmica nefrogênica, que é incurável e às vezes fatal. É relativamente improvável que alguém experimente esse efeito colateral, uma vez que a insuficiência renal geralmente é identificada antes de uma ressonância magnética envolvendo gadolínio.
Muito raramente, o ferro no corpo pode causar efeitos colaterais dolorosos na ressonância magnética. Objetos ferromagnéticos podem se mover com força de qualquer posição próxima a uma máquina de ressonância magnética. Se estiverem dentro do corpo, podem causar grandes danos aos órgãos internos. Uma pessoa com obturações de metal nos dentes pode sentir um leve formigamento, mas pequenos acessórios dentais geralmente não são problemáticos para o procedimento.
O efeito colateral mais comum de uma ressonância magnética parece ser uma sensibilidade elevada a possíveis problemas de saúde. Uma máquina de ressonância magnética é uma peça de tecnologia estressante e freqüentemente desconhecida, e muitas pessoas ficam muito preocupadas com sensações que normalmente não seriam consideradas preocupantes. A sensação de formigamento ou tontura que normalmente passa despercebida ou qualquer sensação de dor torna-se uma fonte de grande preocupação. A possibilidade percebida de que tenham ocorrido efeitos colaterais importantes também causa sintomas de pânico. Esses efeitos colaterais podem ser evitados conversando com um médico de confiança e reconhecendo que uma ressonância magnética é um procedimento muito seguro.