SYBR Green® è un colorante fluorescente che si lega al DNA a doppio filamento con grande specificità. È ampiamente utilizzato nella ricerca in biologia molecolare per quantificare e visualizzare il DNA a doppio filamento. SYBR Green® è un colorante sintetico, introdotto nei primi anni ‘1990 da Molecular Probes®, Inc., una consociata di Invitrogen Corporation. È un colorante cianinato asimmetrico, essendo le cianine una famiglia di coloranti organici sintetici utilizzati nella fotografia, nei supporti CD-R e DVD-R e in una varietà di applicazioni di ricerca in biologia molecolare.
Diverse caratteristiche rendono SYBR Green® particolarmente utile come colorante per acidi nucleici. È stabile in un intervallo di temperature, il che significa che può essere utilizzato per monitorare le reazioni biochimiche che si verificano ad alte e basse temperature. Si lega in modo non covalente alla superficie del DNA, il che significa che non interferirà con l’attività della maggior parte delle nucleasi e delle DNA polimerasi. Si lega anche agli acidi nucleici su un intervallo lineare dinamico fino a quattro ordini di grandezza, quindi può fornire una quantificazione accurata del DNA su un’ampia gamma di concentrazioni.
Gli usi di laboratorio più comuni di SYBR Green® sono la rilevazione del DNA a doppio filamento nella reazione a catena della polimerasi (PCR) in tempo reale e nei gel di acrilammide. La PCR è una tecnica per amplificare alcune copie di DNA attraverso ripetuti cicli di replicazione del DNA. La PCR in tempo reale misura l’amplificazione nel momento in cui avviene e, poiché SYBR Green® si lega al DNA a doppio filamento, la misurazione dell’emissione di fluorescenza del complesso DNA-colorante consente al ricercatore di quantificare la quantità di DNA prodotta. Man mano che i cicli di PCR progrediscono, si verifica un aumento della fluorescenza proporzionale alla quantità di prodotto PCR prodotto.
I gel di acrilammide sono onnipresenti nei laboratori di biologia molecolare, poiché servono allo scopo comunemente necessario di separare i frammenti di DNA in base alle dimensioni. SYBR Green® consente al ricercatore di visualizzare il DNA in un gel di acrilammide proiettando su di esso una luce della lunghezza d’onda appropriata. Altri usi di SYBR Green® includono il rilevamento di acidi nucleici in soluzione, nelle applicazioni di biochip e nella citometria a flusso. Il complesso DNA-colorante assorbe la luce blu a 488 nm ed emette luce verde a 522 nm.
SYBR Green® è molto sensibile; è 25 volte più sensibile del bromuro di etidio, un altro colorante comunemente usato per visualizzare il DNA. L’elevata affinità di SYBR Green® per il DNA a doppio filamento lo rende utile per rilevare campioni di DNA con un basso numero di copie. Lega preferenzialmente DNA a doppio filamento, ma può anche legare DNA a filamento singolo con ridotta fluorescenza. Come con qualsiasi molecola legante il DNA, SYBR Green® può causare mutazioni ed è un possibile cancerogeno. È, tuttavia, più sicuro da lavorare e più facile da smaltire rispetto al bromuro di etidio.