Der Unterschied zwischen Protozoen und Metazoen besteht darin, dass Protozoen einzellige Organismen sind, während Metazoen mehrzellig sind. Die Definition von Metazoen ist für die meisten Beispiele relativ klar, ebenso wie Protozoen, obwohl beide unscharfe Kanten haben. Der Begriff „Protozoen“ (bedeutet „erste Tiere“) bezieht sich auf jeden tierähnlichen einzelligen Organismus, während pflanzenähnliche einzellige Organismen Algen genannt werden. Aber es gibt Organismen, die beides verwischen: Die Alge Dinobryon hat zum Beispiel Chloroplasten, kann sich aber auch bewegen und sich von organischem Material ernähren. Auch viele vermeintlich einzellige Organismen ordnen sich zu fadenförmigen oder kugelförmigen Kolonien an, wie beispielsweise Cyanobakterien oder der Chromophyt Volvox.
Der Begriff „Protozoen“ umfasst grundsätzlich jeden einzelligen Organismus, der kein Tier, keine Pflanze, kein Bakterium oder kein Pilz ist. Per Definition ist jedes Mitglied des Königreichs Animalia vielzellig, und ein anderer Name für das Königreich ist tatsächlich Metazoa. Stationäre photosynthetische einzellige Organismen sind teilweise keine Protozoen, weil das Suffix -zoa Tier bedeutet, und diese sind eindeutig überhaupt nicht tierähnlich. Einzeller sind immer beweglich, da es keine Einzeller gibt, die durch stationäre Filterfütterung überleben können, im Gegensatz zu den zahlreichen Tieren wie Schwämmen, Korallen, Seepocken, Napfschnecken und Brachiopoden.
Protozoen haben eine Größe von 10–50 Mikrometern (Millionstel eines Meters), aber einige Arten sind bis zu 1 mm groß. Metazoen reichen von etwa 50 Mikrometern, wie bei den kleinsten Copepoden, bis hin zum Blauwal (34 m), Löwenmähnenquallen (111 m oder 36.5 Fuß) und Schnürsenkelwürmern (120 m). Der ausgestorbene Dinosaurier Amphicoelias fragillimus kann 55 m oder länger gewesen sein. Wie wir sehen, können die größten Metazoen bis zu einer Million Mal größer sein als ein typisches Protozoon, obwohl die meisten Metazoen klein sind, weniger als einen Millimeter lang. Makroskopische Metazoen wie der Mensch sind in der Minderheit.
Es wird angenommen, dass sich Metazoen vor etwa 600 Millionen Jahren aus Protozoen entwickelt haben, obwohl die molekularen Systematiken noch früher darauf hindeuten. Da die ersten Metazoen-Tiere sehr klein gewesen sein müssen und nur aus Weichgewebe bestanden, hätten sie sich nicht allzu gut versteinert, obwohl eines der frühesten bekannten Metazoen-Fossilien, ein kleines kugelförmiges Tier namens Vernanimalcula guizhouena, nur 0.1 Zoll groß war bis 0.2 mm groß, kaum groß genug zum Sehen und etwa so breit wie ein menschliches Haar.