La bandera del estado de Idaho pasó por tres versiones diferentes, ya que las dos primeras no cumplían con los requisitos legislativos. La primera bandera se encargó en 1907, pero las especificaciones originales no cumplían con el estatuto legal. Los estatutos fueron revisados en 1927 para aclarar que el sello completo del estado debía incluirse en la bandera, pero algunos elementos del diseño aún no estaban estandarizados. En 1957, se aprobó una versión mejorada del sello estatal y se resolvieron las dudas sobre el sello. El diseño de la bandera se basó en una bandera militar anterior.
Al igual que con muchas otras banderas estatales, la bandera estatal de Idaho se originó como una bandera militar. En 1898, Idaho envió dos batallones a luchar en la guerra hispanoamericana. Justo antes de que estos hombres se fueran a pelear, se les presentó una bandera de las mujeres de Idaho. El regimiento llevó esta bandera durante toda la guerra; actualmente se encuentra en exhibición en la capital de Idaho.
Esta primera bandera fue diseñada por el coronel Charles H. Irvin y creada por trabajadores de agujas en Chicago. Estaba hecho de seda azul militar con el sello del estado de Idaho bordado en el centro con hilos de seda de colores. Una franja de oro se encuentra en tres lados de la bandera.
En 1907, la legislatura de Idaho decidió crear una bandera estatal oficial y eligió un diseño muy similar al de la bandera militar. Era el trabajo del ayudante general de Idaho crear esta bandera. El único cambio importante en la bandera fue que, en lugar del nombre del regimiento, la nueva bandera contendría el nombre del estado.
Las dimensiones de la primera bandera eran 5 pies 6 pulgadas (1.67 metros) de ancho y 4 pies 4 pulgadas (1.32 metros) de altura. La franja tenía 2.5 pulgadas (6.35 cm) de ancho y el sello del estado tenía un diámetro de 21 pulgadas (53.34 cm), ubicado en el centro de la bandera. Las letras de la frase «Estado de Idaho» tenían 2 pulgadas (5.08 cm) de alto en una banda roja que tenía 29 pulgadas (73.66 cm) de largo y 3 pulgadas (7.62 cm) de alto. La banda se colocó a 8.5 cm (21.59 pulgadas) por encima del borde inferior de la bandera.
Las especificaciones proporcionadas por el ayudante general eran en realidad diferentes de lo que estaba presente en la ley de 1907. La principal diferencia fue que no se usó el sello estatal completo, solo información pictórica sin palabras. En 1927, las especificaciones del ayudante general se incorporaron a la ley, reemplazando las del estatuto de 1907. La controversia sobre la bandera del estado de Idaho continuó hasta 1957, todo basado en la representación del sello del estado. En ese año, la legislatura estatal aprobó una nueva versión del sello estatal, que se utilizó en la bandera del estado de Idaho a partir de este momento.
Las imágenes en el sello de la bandera del estado de Idaho representan las principales industrias del estado: silvicultura, agricultura y minería. El minero en el sello representa la riqueza mineral y la minería. Las frutas y verduras y la gavilla de trigo representan la agricultura. Un pino solitario representa la industria maderera y un alce representa la vida silvestre de la silvicultura.