Hay varios pasos involucrados en la limpieza de hongos portobello, no todos los cuales son necesarios o, a veces, deseables. Los tallos tienen una textura muy leñosa y, si se cortan, se pueden cortar en cubitos finos y fritos o congelados para su uso posterior en caldo de verduras. Las branquias no siempre tienen que retirarse, pero pueden rasparse fácilmente con una cuchara. La parte superior de la tapa del hongo, que generalmente es de color marrón, se puede quitar con cuidado para que el portobello tenga una apariencia pálida y limpia cuando se presenta. Ninguno de los métodos de limpieza es realmente necesario, con la excepción de eliminar las branquias si el hongo ha envejecido demasiado y las branquias han adquirido un olor desagradable.
Un área de confusión acerca de la limpieza de hongos portobello es si lavarlos en agua. Si bien los hongos absorberán una pequeña cantidad de agua, en realidad no es una cantidad lo suficientemente significativa como para afectar el sabor a menos que el hongo se corte o se empape durante mucho tiempo. La razón principal para evitar sumergir los hongos en agua es que la superficie del hongo se dañará, arruinando la apariencia si no se usan muy pronto después de ser lavados. Al limpiar hongos portobello que no se usarán hasta unas pocas horas o días después, es mejor usar un paño húmedo para limpiar la suciedad de la superficie.
Las branquias debajo de la tapa de un hongo portobello a menudo se eliminan porque hacen que los alimentos adquieran un color oscuro, aunque las branquias son perfectamente comestibles y pueden agregar un sabor terroso a un plato. Se eliminan fácilmente sosteniendo el hongo al revés y raspándolo con la punta de una cuchara. Si las branquias se han abierto y tienen un olor desagradable, definitivamente deben eliminarse. Se debe tener cuidado al limpiar los hongos portobello de sus branquias, ya que aún pueden oscurecer las tablas de cortar u otros alimentos si entran en contacto con ellos, aunque esto generalmente se puede lavar si se atrapa lo suficientemente pronto.
La superficie en la parte superior de la tapa del hongo también se puede quitar. La piel delgada se puede quitar en tiras, generalmente agarrando una pequeña pieza en el borde exterior de la tapa y tirando hacia arriba. Un cepillo de limpieza de hongos o un cepillo de vegetales también pueden funcionar. La razón principal para eliminar la piel al limpiar hongos portobello es crear una presentación uniforme cuando se usan en ensaladas o salsas blancas.