La malaria endémica es la malaria que permanece presente de forma natural y constante en una región porque hay abundantes vectores de la enfermedad, lo que garantiza que seguirá transmitiéndose por la sociedad. Los países donde la malaria es endémica se encuentran principalmente en los trópicos y tienden a ser países en desarrollo con una infraestructura de salud pública limitada para combatir la enfermedad. La lucha contra la malaria en todo el mundo se ha centrado en abordar la malaria endémica con el objetivo de erradicarla de estas regiones para eliminar los reservorios naturales de la enfermedad.
La malaria se vuelve endémica en varias regiones. Este parásito requiere mosquitos de especies específicas como parte de su ciclo de vida y, por lo tanto, no puede volverse endémico en regiones donde estas especies no son compatibles. Los trópicos tienden a ser muy hospitalarios para los mosquitos debido al calor y la abundancia de agua estancada. En las regiones donde el control de los mosquitos es limitado, puede ser difícil evitar que los insectos infectados piquen a los humanos y transmitan la infección.
Si la población humana usa profilaxis contra la malaria, estas picaduras no son un problema, ya que los parásitos no pueden sobrevivir en sus cuerpos. Sin embargo, el uso inconsistente o inexistente de la profilaxis crea una vía para que se establezcan las infecciones de malaria, y los pacientes infectados prolongarán el ciclo de vida del parásito, ya que los mosquitos se alimentan de ellos y recogen sangre infectada, perpetuando así la enfermedad. La gente también viaja, trayendo consigo el parásito sobre la marcha y creando un suministro interminable de nuevos vectores.
Los esfuerzos para controlar la malaria endémica incluyen intentos de limitar las poblaciones de mosquitos y el contacto entre insectos y humanos, como el uso de pesticidas, la revisión de casas y camas para evitar que los insectos entren al interior y la dosificación de humanos con compuestos que se sabe que causan infertilidad en mosquitos, evitando así insectos de la cría. La provisión de profilaxis y tratamiento asequibles contra la malaria es otra medida para abordar este problema. A quienes viajan a regiones con paludismo endémico se les suele recomendar que tomen medicamentos profilácticos para no llevarse el virus a casa.
En países donde la infraestructura de salud pública es irregular y con poco apoyo, la malaria endémica es difícil de combatir. Puede haber regiones donde las personas tienen el virus bajo control, pero en otras puede estar muy extendido y ser muy común. A medida que las personas viajan entre regiones, llevan el parásito de un lado a otro, creando nuevos brotes de enfermedades. Las políticas consistentes e incluso de control de la malaria también tienen que cruzar fronteras, ya que un programa riguroso en una nación no sirve de mucho si el país vecino tiene un programa ineficaz para el control de la malaria.