Le vaste genre de l’écriture mystère comporte un certain nombre de sous-genres qui ont des caractéristiques uniques et indépendantes. Tous les genres mystérieux partagent à tout le moins la compréhension partielle fondamentale de ce qui se passe dans l’histoire, de sorte que l’histoire complète doit être découverte au cours du livre. Certains genres de mystère peuvent être divisés par le type de problème, d’autres par le cadre, et d’autres encore par les personnes qui résolvent le problème. Il existe également certains sous-genres qui fonctionnent en combinant le genre mystère avec un autre genre, comme la romance. Parfois, il y a des livres qui défient le genre, mais une fois qu’ils sont devenus des intrigues popularisées et souvent répétées, ces livres autrefois sans genre deviennent également leurs propres genres.
L’un des meilleurs moyens de classer les genres mystères est le type de détective qui résout l’affaire. Les romans d’enquêteurs privés, par exemple, sont un sous-genre de mystère populaire, tout comme les romans d’enquêteurs amateurs. Certaines personnes vont jusqu’à spécifier le sexe de la personne qui résout le crime comme un aspect du genre. À certains égards, ces catégories impliquent naturellement des paramètres, mais dans les séries de romans, le résolveur de crimes voyage généralement afin de proposer de nouveaux défis.
Le moment et le lieu où le mystère se produit peuvent également être considérés comme définitifs d’un sous-genre. Par exemple, les romans policiers historiques sont l’un des genres policiers les plus populaires. Les mystères douillets, qui sont un type de roman très bien défini, sont définis à la fois par leur protagoniste féminine et leur cadre de petite ville. Les histoires de mystère qui se déroulent dans un avenir lointain prennent souvent la forme de mystères de science-fiction, bien que les éléments de science-fiction de l’histoire éclipsent souvent les éléments de mystère lors de la définition du genre du livre.
Bien que toutes les histoires de mystère n’impliquent pas un crime dans le sens où le problème était contraire à la loi, la plupart impliquent un problème en quelque sorte traité comme un crime. Les mystères de meurtre et les histoires de câpres, par exemple, sont tous deux communément considérés comme des genres. Dans certains cas, le crime lui-même peut ne pas être contraire à la loi, comme c’est le cas dans de nombreux mystères pour enfants impliquant des crimes au niveau des enfants. Un jouet emprunté ou un chien perdu peut être le crime d’un mystère pour enfants, mais les détectives pour enfants dans les romans résolvent tout aussi souvent des crimes majeurs qui déconcertent les responsables de la loi locaux.
Enfin, de nombreux genres de mystère sont divisés en fonction du style dans lequel l’histoire est racontée. Les romans policiers durs, généralement considérés comme des histoires noires, sont racontés d’une manière très différente des romans policiers historiques. Différentes cultures ont également des conventions différentes pour les romans policiers, les genres policiers anglais et japonais étant quelque peu différents. Dans de nombreux cas, une histoire mystérieuse traverse de nombreux genres et de nouveaux termes doivent être inventés pour faire face aux contes qui défient les genres.