Em sua forma pura, não há glúten na quinua. Pode, entretanto, haver glúten em produtos de quinua. Pessoas com e sem sensibilidade ao glúten ainda podem ter reações negativas à semente, o que pode ou não depender de como ela é preparada. Ainda assim, para muitas pessoas, substituir os alimentos tradicionais que contêm glúten por quinua é uma boa alternativa, especialmente se essa substituição ocorrer em um ritmo controlável.
Em parte porque não há glúten na quinua, ela tem sido usada em vários alimentos para pessoas com alergias ou sensibilidades ao glúten. O consumidor precisa ter alguns cuidados na hora de comprar esses produtos, pois já existem inúmeros alimentos no mercado que contêm a semente, mas não são isentos de glúten. As pessoas devem inspecionar a embalagem para determinar se um produto foi rotulado como não contendo glúten. Quem sofre de alergias extremas também deve ler sobre a fabricação de produtos para ter certeza de que as empresas não utilizam equipamentos que entram em contato com o glúten.
Mesmo após uma verificação completa para ter certeza de que não foi contaminado com glúten, algumas pessoas ainda podem ter uma reação empoçada à quinua. As notificações de reações adversas incluem erupção na pele, dor de estômago extrema e sensação de desmaio. O estômago pode ocorrer ocasionalmente se as pessoas não prepararem adequadamente a semente. Ele é coberto com uma camada amarga que precisa ser bem lavada antes de cozinhar. Se muito dessa cobertura permanecer, as pessoas podem desenvolver problemas de estômago, mesmo que não haja glúten na quinua.
Muitas pessoas já estão cientes dessas armadilhas em potencial e compram quinoa pré-lavada ou alimentos sem glúten com ela. Alguns ainda podem achar que reagem negativamente à quinua. Não é de surpreender, de certa forma, porque a maioria dos alimentos causa efeitos colaterais desagradáveis para algumas pessoas. Como a semente é uma introdução recente a muitas dietas ocidentais, é muito cedo para dizer com que frequência essas reações ocorrerão e qual porcentagem da população pode ser afetada. As reações adversas certamente não se limitam a pessoas com intolerância ao glúten e ocorreram em vários indivíduos que não relataram alergias alimentares anteriores.
Como a quinua não contém glúten, devido à sua natureza altamente fibrosa, outra explicação para o mal-estar estomacal após comê-la é possível. Se as pessoas mudarem repentinamente de grãos mais glutinosos para quinua, podem estar consumindo mais fibras do que o normal. Isso às vezes pode fazer com que o trato digestivo funcione muito rapidamente.
Alterações rápidas na dieta podem resultar em inchaço, gases e diarréia, que podem ser interpretados erroneamente como sensibilidade ao glúten ou alergia. Para evitar essa reação, as pessoas devem iniciar a ingestão de fibras alimentares lentamente, aumentando gradualmente os alimentos fibrosos à medida que seus corpos desenvolvem maior tolerância. O consumidor médio com baixo teor de fibras e que não consegue resistir a consumir uma pilha de muffins de quinua pode se arrepender dessa escolha em retrospectiva.