A limpeza dos cogumelos portobello envolve várias etapas, mas nem todas são necessárias ou, às vezes, desejáveis. Os caules têm uma textura muito amadeirada e, se cortados, podem ser cortados em cubos finos e fritos ou congelados para posterior utilização em caldo de legumes. As guelras nem sempre precisam ser removidas, mas podem ser facilmente raspadas com uma colher. O topo da tampa do cogumelo, geralmente de cor acastanhada, pode ser retirado com cuidado para que o portobello tenha um aspecto pálido e limpo quando apresentado. Nenhum dos métodos de limpeza é realmente necessário, com exceção de remover as guelras se o cogumelo estiver muito velho e as guelras tiverem adquirido um odor desagradável.
Uma área de confusão sobre a limpeza dos cogumelos portobello é se devemos lavá-los com água. Embora os cogumelos absorvam uma pequena quantidade de água, não é realmente uma quantidade significativa o suficiente para afetar o sabor, a menos que o cogumelo seja fatiado ou embebido por um longo tempo. O principal motivo para evitar a submersão dos cogumelos na água é que a superfície do cogumelo ficará danificada, arruinando a aparência se não forem usados logo após a lavagem. Ao limpar cogumelos portobello que não serão usados até algumas horas ou dias depois, é melhor usar um pano úmido para limpar a sujeira da superfície.
As guelras sob a capa de um cogumelo portobello são freqüentemente removidas porque fazem com que os alimentos adquiram uma cor escura, embora as guelras sejam perfeitamente comestíveis e possam adicionar um sabor de terra a um prato. Eles são facilmente removidos segurando o cogumelo de cabeça para baixo e raspando-os com a ponta de uma colher. Se as guelras se abrirem e apresentarem um odor desagradável, com certeza devem ser removidas. Deve-se ter cuidado ao limpar os cogumelos portobello de suas guelras, porque eles ainda podem escurecer as tábuas de cortar ou outros alimentos se entrarem em contato com eles, embora isso geralmente possa ser lavado se forem pegos logo.
A superfície na parte superior da tampa do cogumelo também pode ser removida. A pele fina pode ser puxada em tiras, geralmente agarrando um pequeno pedaço da borda externa da tampa e puxando para cima. Uma escova de limpeza de cogumelos ou uma escova de vegetais também podem funcionar. A principal razão para remover a pele na limpeza dos cogumelos portobello é para criar uma apresentação uniforme quando eles são usados em saladas ou molhos brancos.