Es gibt fast so viele verschiedene Arten von Gourmet-Cupcakes, wie es Menschen gibt, die sie genießen. Im Grunde gibt es zahlreiche verschiedene Sorten von Schokoladen- und Vanillearomen, die oft mit verschiedenen Zuckergussaromen versehen werden, um sie interessanter zu machen. Gourmet-Cupcakes gehen natürlich weit über Schokolade und Vanille hinaus, von saisonalen Geschmacksrichtungen wie Kürbisgewürz oder Lebkuchen bis hin zu fruchtigen Geschmacksrichtungen wie Erdbeere oder Banane. Andere Arten von Cupcakes können für Personen mit besonderen Ernährungsbedürfnissen hergestellt werden, z. B. für Personen mit einer Allergie gegen Eier, Diabetiker oder für Personen, die sich vegan ernähren.
Einige Bäckereien stellen auf Kundenwunsch sogar Gourmet-Cupcakes her und passen sie für besondere Anlässe an. Neben den Geschmacksrichtungen des Kuchens und der Glasur kann eine Bäckerei beispielsweise Gourmet-Cupcakes mit verschiedenen Füllungsgeschmacksrichtungen anpassen. Zitronen- und Himbeerfüllungen sind häufige Favoriten, ebenso wie verschiedene Arten von reichhaltigen Schokoladen- oder Karamellfüllungen. Eine andere etwas weniger verbreitete, aber nicht weniger beeindruckende Methode zur Herstellung eines Gourmet-Cupcakes besteht darin, tatsächlich ein anderes Backgut in dem Cupcake zu backen. Zum Beispiel backen einige Bäckereien Kuchen mit einer anderen Geschmacksrichtung oder sogar einen Miniaturkuchen oder eine Torte im Cupcake.
Saisonale Optionen für Gourmet-Cupcakes sind ein häufiges Grundnahrungsmittel auf Weihnachtsfeiern oder anderen besonderen Veranstaltungen. Cupcakes mit Pfefferminz- oder Lebkuchengeschmack findet man beispielsweise oft auf Winterpartys, während Kürbisgewürz- oder Apfel-Cupcakes häufig im Herbst zubereitet werden. Manche Leute finden, dass diese saisonalen Gourmet-Cupcakes ein großartiges Geschenk sein können, insbesondere für den Gastgeber oder die Gastgeberin einer Weihnachtsfeier. Andere, etwas sommerlichere Geschmacksrichtungen, wie Cupcakes mit Fruchtgeschmack, werden häufig bei Picknicks im Freien oder Sommerpartys serviert. Bäckereien experimentieren oft auch mit anderen Geschmacksrichtungen, um neue und einzigartige Geschmacksrichtungen zu finden.
Auch Menschen mit besonderen Ernährungsbedürfnissen können Gourmet-Cupcakes genießen. Es gibt viele Bäckereien, die glutenfreie Cupcakes für Menschen mit Glutenallergien oder Empfindlichkeiten oder zuckerfreie Cupcakes für diejenigen bereiten, die keinen Zucker essen sollten. Vegane Optionen werden ohne tierische Produkte wie Milch oder Eier zubereitet. Personen mit Erdnussallergien können möglicherweise Cupcakes anfordern, die getrennt von anderen Backwaren zubereitet wurden, die möglicherweise Nüsse enthalten. Einige Bäckereien bereiten sogar kohlenhydratarme Cupcakes zu, die für Menschen gedacht sind, die eine Diät machen oder einfach nur versuchen, die Menge an Kohlenhydraten in der Ernährung zu reduzieren.