En el sentido más científico y biológico, la diferencia principal entre el bacalao y el eglefino es su tipo de especie. Ambos peces pertenecen en realidad a la misma familia de los gadidae, pero se ramifican en diferentes géneros, con el eglefino debajo del género melanogrammus, y el bacalao es miembro del género gadus. En general, esta diferencia de especies entre el bacalao y el eglefino explica en gran medida la diferencia en apariencia, hábitos alimenticios y hábitat.
Estos peces pueden ser muy similares en apariencia, pero la diferencia más evidente entre los dos peces es sus líneas laterales que van desde la cabeza hasta la cola. El bacalao tiene una línea lateral pálida y blanquecina, mientras que el eglefino tiene una línea lateral de color negro oscuro, junto con algunas manchas en su aleta pectoral ubicada como el lado de la cabeza. El eglefino tiene una aleta dorsal primaria más larga y puntiaguda, ubicada en la espalda del pez más cercana a la cabeza, que la del bacalao. La cola del eglefino también tiene una apariencia más cóncava que el extremo más contundente del bacalao. Ambos peces también difieren en color: el bacalao parece tener un tinte verdoso y amarillento, mientras que el eglefino tiene un tono grisáceo y plateado.
Ambos peces viven en rangos similares, como en el Atlántico Norte y el Golfo de Maine. Sin embargo, su profundidad de habitación difiere en que los bacalaos viven en aguas menos profundas que los abadejos que buscan aguas más profundas. Los bacalaos son abundantes en 5 a 10 brazas (9,14 a 18,28 metros) de profundidad, mientras que los abadejos pueblan las aguas de 20 a 70 brazas (36,57 a 128,01 metros) de profundidad. Esta es probablemente la razón por la cual los bacalaos son más propensos a la sobrepesca que los eglefinos. De hecho, el Fondo Mundial (WWF) enumeró el bacalao como una especie en peligro de extinción en el año 2000, y en 2010, el bacalao del Atlántico fue incluido en la «lista roja de mariscos» de Greenpeace International.
En términos de sus hábitos alimenticios, el bacalao y el eglefino comen alimentos similares, como pepinos de mar, gusanos, estrellas quebradizas y moluscos. La diferencia es que el bacalao come almejas y cangrejos de mayor tamaño, mientras que los eglefinos no. Los eglefinos también comen más gusanos que los bacalaos, probablemente porque los gusanos marinos abundan cerca del fondo del océano. Los bacalaos, por otro lado, incluso intentarían atrapar pequeños patos marinos cerca de la superficie del agua.
Un pescador o pescador experto puede saber la diferencia entre el bacalao y el eglefino, pero incluso los chefs pueden detectar la diferencia en términos de textura y texto. El bacalao es ligeramente más suave que el eglefino cuando se presiona suavemente, lo que indica una diferencia en la textura de la carne. La carne de bacalao es más húmeda y rellena, mientras que el eglefino puede tener una consistencia seca y escamosa. El bacalao y el eglefino tienen un sabor similar, pero muchos cocineros dicen que el eglefino tiene un sabor más dulce.