Los panecillos integrales incluyen una variedad de granos integrales diferentes, como trigo o avena, mientras que contienen ingredientes adicionales como fruta, puré de calabaza, chocolate o pasas. Los muffins de desayuno hechos con granos enteros generalmente contienen avena enrollada y algún tiempo de puré de frutas, como plátanos o fresas. Los diversos tipos de granos integrales utilizados son el centeno, la cebada y el sorgo, así como el trigo sarraceno, la quinua y otras variedades de granos integrales sin gluten. Dado que las magdalenas integrales generalmente se consideran alternativas más saludables a sus contrapartes de harina blanca, muchos nutricionistas y médicos promueven muchas magdalenas hechas con granos integrales por su contenido de fibra.
Las magdalenas hechas con granos integrales a menudo usan harina de trigo integral como el ingrediente base principal, agregando varios ingredientes como frutas secas o frescas y condimentos. Los muffins integrales de calabaza generalmente se hacen con harina de trigo y puré de calabaza, canela y jengibre, y a menudo se preparan durante los meses de otoño. Las versiones sin gluten de las magdalenas de calabaza todavía pueden usar granos integrales, sustituyendo la harina de trigo por una harina o harina integral sin gluten. La harina de quinua y la harina de sorgo son dos ejemplos de harinas integrales que se pueden usar fácilmente en cualquier receta de panecillos integrales sin gluten.
Los muffins integrales de manzana también son populares, por lo general contienen rodajas de manzana fresca, canela y nuez moscada, así como una cubierta de crumble de azúcar moreno. Este panecillo se puede servir durante el café o el té, y también es un producto horneado popular que se consume durante el desayuno o entre comidas como refrigerio. Los muffins de plátano y nueces se hacen comúnmente con granos integrales, como avena arrollada y harina de trigo integral, y son muy comunes como muffins de desayuno con su textura dulce y abundante. En la mayoría de los casos, la mayoría de los panecillos integrales no contienen glaseado como magdalenas y son más densos, lo que los hace perfectos como sustituto de una comida.
Los muffins de arándanos hechos con granos enteros generalmente usan toda la harina de trigo integral, o una harina sin gluten de grano entero, junto con azúcar morena oscura y arándanos frescos o congelados. Este tipo de magdalenas son populares como bocadillos y se hacen comúnmente en los cálidos meses de verano. Dado que los granos integrales contienen una cantidad significativa de fibra y otros nutrientes, la mayoría de los nutricionistas recomiendan magdalenas integrales sobre sus equivalentes de harina blanca. Aunque se consideran más saludables, las magdalenas hechas con granos enteros aún pueden contener una gran cantidad de azúcar, por lo que es importante observar el contenido de azúcar y consumir con moderación.