Las bayas a menudo se sirven para el desayuno y el brunch, por lo que agregarlas a un pastel de café es una opción natural. Los arándanos son un favorito frecuente para aromatizar pasteles de café, y las fresas también se usan comúnmente. Para un sabor más fuerte y un color rojo festivo, los arándanos y el ruibarbo se presentan en muchas recetas de pastel de café con bayas. Las moras, las frambuesas y la mermelada de bayas también se usan para agregar sabores de bayas a los pasteles de café.
Una variedad de recetas de pasteles de café con bayas presentan arándanos, que se pueden usar frescos, enlatados o congelados. Además del pastel de café de arándanos normal, las variaciones incluyen pastel de café de chocolate blanco con arándanos, pastel de café de arándanos con arce natural y pastel de café con arándanos y limón. Suero de mantequilla se utiliza para mejorar el sabor de la torta de café de mantequilla de arándano a la antigua, mientras que las almendras en rodajas y el extracto de almendra agregan sabor a nuez a la torta de café de almendra y arándanos. El pastel de café de durazno y arándanos combina una mezcla de muffins de arándanos con duraznos en rodajas enlatados.
Además de tener un color festivo, los arándanos pueden agregar un sabor agrio y dulce al pastel de café con bayas. El pastel de café con arándanos se puede hacer con arándanos frescos o congelados que se combinan con azúcar en un procesador de alimentos. La salsa de arándano entera se usa para hacer un pastel de café con yogur y arándano, y el grano de vainilla se usa para dar sabor al pastel de café de arándano y vainilla. Se puede preparar un pastel de café más abundante, como el arándano rojo de nuez, agregando una cubierta de nueces picadas y azúcar moreno. El pastel de café de pera y arándano está hecho con una mezcla rápida de pan de arándano y naranja, peras en rodajas y canela.
El ruibarbo a menudo se combina con bayas y se presenta en una variedad de recetas de pastel de café con bayas, como el pastel de café «bluebarb», que combina arándanos frescos y congelados con ruibarbo fresco o congelado. La dulzura de las fresas puede agregar el favor del verano y el color al pastel de café con bayas. El pastel de café con fresa y ruibarbo es una combinación de sabores dulces y agrios, y está hecho con ruibarbo fresco picado y fresas congeladas y en rodajas endulzadas. Las fresas frescas en rodajas se pueden usar en el pastel de café con fresa, mientras que el pastel de café con crema agria de fresa presenta una mermelada de fresa hecha de maicena, fresas en rodajas y azúcar.
Las frambuesas, las moras y la mermelada se usan para dar sabor a algunos tipos de pasteles de café con bayas. Las moras protagonizan el pastel de café de moras, que está helado con jugo de bayas y azúcar glas. Las frambuesas también son opciones populares para el pastel de café, y las frambuesas congeladas se usan en el pastel de café con queso y crema de frambuesa. Algunos pasteles de café con bayas presentan una mezcla de varias bayas o una mermelada hecha de bayas.