La dieta Atkins ha recibido un fuerte apoyo y una fuerte oposición a lo largo de los años. Algunos de los resultados de la oposición son los efectos secundarios desagradables que experimentan las personas que han probado la dieta. Algunos de los efectos secundarios más comunes de la dieta Atkins incluyen dolores de cabeza, fatiga y calambres en las piernas. Los partidarios de la dieta afirman que estos efectos secundarios negativos de la dieta generalmente no duran mucho tiempo, y a veces se ven compensados por los efectos secundarios positivos de la dieta Atkins, como el aumento de energía.
Los desarrolladores de la dieta Atkins admiten que, generalmente durante la fase de inducción de la dieta, que es la famosa fase de inicio restrictiva, algunas personas experimentan dolores de cabeza, dolor muscular y fatiga. Atribuyen estos efectos secundarios temporales de la dieta Atkins a un fenómeno conocido como «abstinencia de carbohidratos». El estreñimiento también es una preocupación común, probablemente debido a la falta de ingesta de vegetales fibrosos. Recomiendan usar sustitutos de fibra durante la fase de inducción si el estreñimiento se vuelve molesto.
Los efectos secundarios de la dieta Atkins a corto plazo de los que más comúnmente se quejan las personas que hacen dieta incluyen todos los reconocidos oficialmente por Atkins, con la adición de mal aliento, falta de energía física y mental y resistencia, y pérdida muscular. Los calambres en las piernas y los mareos también son preocupaciones bastante comunes que pueden ser lo suficientemente preocupantes como para que algunas personas que hacen dieta terminen deteniendo la dieta. El mal aliento a menudo se atribuye a la excreción de cetonas, que tienen un olor desagradable, y la energía física y mental reducida se explica con el hecho de que el cuerpo, y especialmente el cerebro, prefieren quemar carbohidratos para que el combustible funcione de manera más eficiente. A pesar de que Atkins afirma que la mayoría de estos efectos secundarios desaparecen después de la fase de inducción inicial, muchas personas que hacen dieta encuentran que algunos efectos secundarios desagradables persisten durante todo el curso de la dieta o son incapaces de soportar los efectos secundarios el tiempo suficiente para comprobar si los problemas eventualmente desaparecerán.
Sin embargo, algunas personas que hacen dieta permanecen en la dieta a largo plazo y experimentan más efectos secundarios positivos que los negativos. Los efectos positivos que se mencionan regularmente incluyen aumento de la energía en lugar de disminución y presión arterial más baja. Los efectos secundarios negativos a largo plazo pueden ocurrir en algunas personas debido a las vitaminas y minerales restringidos que se proporcionan en los alimentos aptos para Atkins. Además, muchos críticos de la dieta expresan preocupación por la cantidad de grasa y proteína animal que se consume de fuentes animales en esta dieta en lugar de fuentes vegetales, que se consideran más saludables para el corazón. La evidencia científica sobre los beneficios para la salud a largo plazo o los riesgos de la dieta Atkins son algo contradictorios y pueden incluir desde un aumento de la salud y la calidad de vida hasta un riesgo mucho mayor de enfermedad cardíaca.