En los libros de Harry Potter, el Departamento de Misterios es un departamento dentro del Ministerio de Magia que se centra en la investigación encubierta y posiblemente también en el desarrollo. Se sabe poco sobre el funcionamiento del Departamento de Misterios dentro de la comunidad mágica en general, lo que hace que el departamento sea análogo a otros departamentos gubernamentales de alto secreto en todo el mundo. Se presenta a los lectores el Departamento de Misterios de Harry Potter y la Orden del Fénix.
Los empleados del Departamento de Misterios se denominan «Inefables». Al igual que otros empleados de organizaciones clandestinas, parecen llevar una vida mayoritariamente cerrada y privada, y no son amistosos ni extrovertidos con otros empleados del Ministerio. Se desconocen las calificaciones para ser un Inefable, pero presumiblemente los Inefables son investigadores y magos muy talentosos.
Para acceder al Departamento de Misterios, los magos toman un ascensor del Ministerio hasta el noveno nivel del enorme complejo subterráneo. Una sola puerta se abre a una gran sala circular llena de más puertas. Cuando se cierra una puerta, la sala circular gira, haciendo imposible saber de dónde se ha venido. En Harry Potter y la Orden del Fénix, Hermione Granger usa muy hábilmente un hechizo para hacer grandes «X» en llamas en las puertas, lo que permite al grupo de jóvenes magos realizar un seguimiento de las puertas que ya han probado.
Se pueden encontrar numerosas salas diferentes dentro del Departamento de Misterios. Parecen estar reservados para investigar proyectos complejos y magia muy avanzada. También es posible que el Departamento de Misterios oculte elementos potencialmente peligrosos. Dentro de una de las habitaciones hay un poder «a la vez más maravilloso y más terrible que la muerte», según Albus Dumbledore, y esta habitación siempre se mantiene cerrada. Algunas de las habitaciones se exploran en Harry Potter y la Orden del Fénix, el quinto libro de la serie.
Una de las salas fundamentales dentro del Departamento de Misterios es el Salón de la Profecía, que contiene profecías archivadas sobre el mundo mágico, en pequeñas bolas de cristal. Las profecías solo pueden ser reclamadas por los magos involucrados en ellas. Otra habitación contiene un gran tanque de cerebros con pensamientos vinculados, mientras que una contiene una variedad de planetas flotando en el espacio. Los giratorios del tiempo y otros dispositivos relacionados con el tiempo se mantienen en una gran sala, y se destruyen en gran parte durante la batalla en el Ministerio. Los personajes también visitan una habitación que parece centrarse en la muerte en el quinto libro, con un velo misterioso que cuelga de un gran arco.