Pendant environ 20 millions d’années, entre 23 et 3 millions d’années, l’Amérique du Sud était un continent insulaire, avec sa propre faune unique. Le point de départ de cette diversification a été hérité du supercontinent Gondwana, constitué de l’Amérique du Sud rattachée à l’Antarctique (qui était alors boisée) et de l’Australie pendant environ 150 millions d’années. Cette faune unique du Gondwana comprenait de nombreux marsupiaux (maintenant divisés entre l’Australie et l’Amérique du Sud), y compris des marsupiaux carnivores, des ratites (représentés aujourd’hui par le nandou, l’émeu et l’autruche), une faune aviaire diversifiée et des plantes uniques, dont de nombreux cycas (considérés comme vivants fossiles) et de la famille des Protéacées, avec de belles fleurs roses et blanches. Beaucoup d’entre eux ne sont pas des animaux ou des plantes éteints, mais un grand nombre de leurs parents ont disparu au cours des derniers millions d’années.
Parce que ce que nous considérons comme des «mammifères typiques» a évolué en Amérique du Nord et en Eurasie, l’Amérique du Sud ne les possédait pas jusqu’à ce qu’elle se connecte à l’Amérique du Nord il y a seulement 3 millions d’années, un événement connu sous le nom de Grand Échange américain. Avant cela, les mammifères endémiques d’Amérique du Sud se composaient de marsupiaux, de xénarthanes (tatous, fourmiliers et paresseux), de nombreux ongulés divers (ordre éteint Notoungulata — « ongulés du sud »), litopternes (mammifères à long nez qui jouaient ce rôle de milieu -navigateurs de niveau, comme les camélidés et les chevaux sur d’autres continents), les astrapothères (parfois appelés «un croisement entre un petit éléphant et un grand tapir») et les pyrothères (grands ongulés de type mastadon/tapir). La majorité d’entre eux sont des animaux éteints. L’ensemble du clade d’ongulés endémiques d’Amérique du Sud, les Meridungulata, se compose d’animaux éteints.
Contrairement à l’Afro-Eurasie, qui était dominée par les mammifères placentaires, et à l’Australie, qui était dominée par les marsupiaux, l’Amérique du Sud était un champ de bataille évolutif unique où les placentaires, les marsupiaux et quelques autres (« Terror Birds ») se disputaient la suprématie. . Au final, les marsupiaux et les Terror Birds ont perdu, submergés par les placentaires afro-eurasiens qui ont envahi lors du Great American Interchange. La plupart des marsupiaux qui n’ont pas rejoint les rangs des animaux éteints sont petits et vivent en hauteur dans la chaîne de montagnes des Andes, la plus longue chaîne de montagnes sur Terre. Certains des animaux éteints qui vivaient en Amérique du Sud et classés comme marsupiaux comprennent Thylacosmilus, un prédateur marsupial à dents de sabre, et les borhyaenids, des prédateurs marsupiaux en forme de loutre/carcajou. Les opposums étaient omniprésents et plus nombreux qu’aujourd’hui.