Los conejillos de Indias son un roedor especialmente común, pero algunas razas de conejillos de Indias son más comunes que otras. Por ejemplo, el Himalaya, la seda y el abisinio se encuentran en tiendas de mascotas y se compran a criadores de todo el mundo. Por otro lado, las razas sin pelo son poco comunes y requieren un cuidado especial porque carecen de la capacidad de calentarse con sus gruesos abrigos. Hay muchas otras razas de cuyes, algunas definidas y reconocidas oficialmente, otras no, y la lista continúa creciendo a medida que los animales se cruzan.
Hay dos tipos de razas de cuyes: de pelo corto y pelo largo. Las razas de pelo corto se encuentran entre las más populares que se venden en las tiendas de mascotas, mientras que los conejillos de indias de pelo largo se usan comúnmente en competiciones o espectáculos. Su pelo puede crecer hasta 2 pies (0,6 m) de largo y debe ser enrollado o cortado para el bienestar y la facilidad de cuidado del animal. Como la mayoría de los perros y gatos, los conejillos de indias de pelo largo tienen una capa superior y una capa inferior.
El conejillo de Indias del Himalaya es de color blanco sólido al nacer con ojos de color rojo oscuro. A medida que el conejillo de indias envejece, sus puntos se oscurecen hasta que son de color marrón claro a negro. El color final de los puntos de un conejillo de Indias del Himalaya depende de la temperatura del hogar para las mascotas de interior o del clima local para las de exterior. En general, los conejillos de Indias del Himalaya tendrán manchas más oscuras si crecen en áreas cálidas.
Los conejillos de Indias abisinios son conocidos por su aspecto desaliñado. Su pelaje es áspero, generalmente se pone de punta y, a menudo, parece desordenado. Este tipo de conejillo de indias se puede comprar en variedades de pelo corto y largo.
También conocido como sheltie, un silkie es una raza de pelo largo. Su cabello se desliza hacia atrás sobre su cabeza en lugar de hacia los ojos del conejillo de indias. En el show, los jueces buscan un pelaje uniforme que caiga alrededor del cuerpo del conejillo de indias, excepto los ojos.
Las razas de cuy sin pelo son raras pero no desconocidas. El más común se llama el cerdo flaco, y aunque no es completamente sin pelo, casi lo es. Otra raza de conejillo de Indias sin pelo es el baldwin, que nace con una capa de pelo completa que luego se cae. El flaco y el calvo no pueden reproducirse para formar otro tipo de conejillo de indias sin pelo porque sus genes sin pelo son incompatibles. Solo algunos espectáculos de cobayas permiten a los competidores participar con variedades sin pelo.