Ya sea en el relleno o en la parte superior, el pastel de queso con frutas presenta sabores que complementan el relleno de queso crema del pastel de queso. Las cerezas, limas y duraznos son algunas opciones para crear pastel de queso con frutas. Las frutas más exóticas, como el mango, la piña y el coco, también se usan para crear pastel de queso con frutas. La tarta de queso también puede presentar manzanas, arándanos y fresas.
El sabor de los limones es muy adecuado para la tarta de queso, ya que muchos rellenos de tarta de queso ya contienen un toque de jugo de limón. La tarta de queso con limón y salsa de bayas presenta una corteza de almendras y dátiles con un relleno hecho de anacardos, miel y jugo de limón. La salsa de bayas se prepara con bayas mezcladas con dátiles o miel y se mezclan hasta que quede suave. El pastel de queso con limón contiene leche condensada azucarada, queso neufchatel y huevos. Está aromatizado con vainilla, jugo de limón y ralladura de limón.
Las manzanas se pueden usar para crear tarta de queso de frutas, como la tarta de queso streusel de manzana, que presenta manzanas, azúcar moreno y canela. El pastel de queso de manzana otoñal presenta una costra de migas de galletas Graham, nueces picadas finamente y azúcar. Las manzanas en rodajas cubiertas de azúcar y canela se colocan en capas sobre un queso crema y relleno de azúcar. El pastel de queso con manzana y caramelo presenta una costra de migas de galletas Graham, canela molida y nueces picadas finamente. El relleno de queso crema está cubierto con manzanas peladas y cubierto con helado de caramelo, crema batida y nueces picadas antes de servir.
Las cerezas frescas y enlatadas son una opción popular para la tarta de frutas. Los mini pasteles de queso cherry individuales se hacen colocando una oblea de vainilla en el fondo de una envoltura de cupcake y luego se vierte el relleno de queso crema encima. Se cocinan, se enfrían y luego se cubren con relleno de pastel de cereza en lata.
Se pueden usar mangos, piñas y duraznos para hacer pasteles de queso con frutas. El pastel de queso con mango se hace agregando puré de mango al relleno de queso crema. El pastel de queso de durazno se hace con gelatina de durazno y duraznos grandes y maduros. El pastel de queso de piña está hecho con queso crema sin grasa, piña triturada y cobertura batida sin azúcar. El pastel de queso con piña colada está hecho con piña triturada, crema de coco y crema agria, y está aromatizado con ron ligero y extracto de coco.
Las frutas con algo de mordisco, como los arándanos y las limas, también se usan para crear pastel de queso con frutas. El pastel de queso de lima con salsa de mantequilla de fresa presenta queso crema, huevos y crema agria. Está aromatizado con corteza de lima, fresas y jugo de lima. La tarta de queso arándano arremolinada presenta una miga de galleta y una corteza de mantequilla. El relleno de queso crema está aromatizado con salsa de arándanos y bayas enteras, canela y clavo.