Los ingredientes principales de la salsa de enchilada son los chiles, los tomates o los tomatillos, los condimentos y la carne como el cerdo o la carne de res. Los frijoles pintos, frijoles negros o frijoles pueden ser sustituidos por la carne para hacer salsa de enchilada vegetariana. «Enchilar» es el verbo español que significa «agregar chiles» y las enchiladas son tortillas de maíz cubiertas con salsa de enchilada. Las tortillas generalmente se chamuscan primero para agregar un gran sabor ahumado al plato.
La salsa de enchilada roja usa chiles rojos y tomates rojos, mientras que la salsa de enchilada verde usa chiles verdes y tomatillos, que son verdes. Tomatillo significa «tomate de cáscara» y el tomatillo es relativamente pequeño en comparación con la mayoría de los tomates rojos. El tomatillo es un alimento básico en la comida étnica mexicana y es especialmente popular en los platos guatemaltecos. Los tomatillos ayudan a atenuar el sabor a chile picante de la salsa de enchilada.
Wilbur Scoville, un científico alemán, inventó un sistema de clasificación del calor en todo tipo de pimientos. Las unidades Scoville no son totalmente precisas ya que se basan en resultados de degustación humana que pueden considerarse muy subjetivos. Sin embargo, las comparaciones de Scoville brindan una excelente manera de comprender los diferentes grados de picante entre varios chiles. El Scoville prueba los chiles mezclados con una sustancia neutra agregada en cantidades gradualmente crecientes hasta que el probador ya no pueda probar los chiles picantes.
El ancho, el guajillo y los chiles de Nuevo México son solo tres de los tipos comunes de chiles utilizados en la salsa de enchilada. Si bien el cultivo y otras condiciones afectan el picante de los chiles, el ancho y el Nuevo México tienen alrededor de 1,000 unidades Scoville de calor cada una y el guajillo tiene alrededor de 5,000 unidades Scoville. El chile habenero se considera el más picante y puede tener una calificación Scoville de 300,000 a 500,000 unidades. Los chiles habeneros varían en color de verde a naranja.
Los condimentos utilizados en la salsa de enchilada varían, pero se podría usar comino, ajo en polvo, clavo y canela. Algunos cocineros mexicanos dicen que agregar el cacao en polvo mexicano es el secreto de la mejor salsa de enchilada. Se puede usar chile en polvo seco o chiles enlatados en lugar de chile fresco. Los chiles secos también funcionan, pero deben remojarse en agua caliente antes de agregarlos a la salsa de enchilada.