Existem quase tantos tipos diferentes de cupcakes gourmet quanto pessoas que os apreciam. Basicamente, existem inúmeras variedades diferentes de sabores de chocolate e baunilha, muitas vezes personalizadas com vários sabores de cobertura para torná-los mais interessantes. Claro, cupcakes gourmet vão muito além de simplesmente chocolate e baunilha, de sabores sazonais, como especiarias de abóbora ou pão de gengibre, a sabores frutados como morango ou banana. Outros tipos de cupcakes podem ser feitos para pessoas com necessidades dietéticas especiais, como para pessoas alérgicas a ovos, diabéticos ou para aqueles que seguem uma dieta vegana.
Algumas padarias vão até fazer cupcakes gourmet a pedido do cliente, e personalizá-los para eventos especiais. Por exemplo, além dos sabores do bolo e da cobertura, uma padaria pode ser capaz de personalizar cupcakes gourmet com diferentes sabores de recheio. Recheios de limão e framboesa são favoritos frequentes, assim como vários tipos de recheios ricos de chocolate ou caramelo. Outro método um pouco menos comum, mas não menos impressionante, de fazer um cupcake gourmet é assar um produto assado diferente dentro do cupcake. Por exemplo, algumas padarias podem assar um sabor diferente de bolo, ou mesmo uma torta em miniatura ou uma torta dentro do cupcake.
As opções sazonais de cupcakes gourmet são um grampo frequente em festas de fim de ano ou outros eventos especiais. Por exemplo, cupcakes com sabor de hortelã-pimenta ou pão de gengibre são frequentemente encontrados em festas de inverno, enquanto cupcakes de abóbora ou maçã são frequentemente preparados no outono. Algumas pessoas acham que esses cupcakes gourmet sazonais podem ser um ótimo presente, especialmente para o anfitrião ou a anfitriã de uma festa de Natal. Outros sabores um pouco mais de verão, como cupcakes com sabor de frutas, são frequentemente servidos em piqueniques ao ar livre ou festas de verão. Freqüentemente, as padarias também experimentam outros sabores, na tentativa de encontrar sabores novos e únicos.
Pessoas com necessidades dietéticas especiais também podem desfrutar de cupcakes gourmet. Existem muitas padarias que preparam cupcakes sem glúten, para pessoas com alergia ao glúten ou sensitivos, ou sem açúcar para quem não deve comer açúcar. As opções veganas são preparadas sem o uso de produtos de origem animal, como leite ou ovos. Pessoas com alergia a amendoim podem solicitar cupcakes que foram preparados separadamente de outros produtos assados que podem incluir nozes. Algumas padarias até preparam cupcakes com baixo teor de carboidratos, projetados para pessoas que estão fazendo dieta ou simplesmente tentando reduzir a quantidade de carboidratos encontrados na dieta.