Los pros y los contras de la dieta Atkins incluyen su ingesta de carbohidratos y grasas, principalmente porque su bajo contenido de carbohidratos es un profesional y su alto contenido de grasas saturadas es una estafa. El gran tamaño de las porciones permitidas en la dieta puede verse como un profesional, ya que es poco probable que las personas que hacen dieta sientan hambre, pero una desventaja es que es probable que se consuma un exceso de proteínas. La pérdida de peso inicial rápida se considera un profesional, pero la falta de fibra parece una desventaja.
Una dieta baja en carbohidratos, como el plan Atkins, generalmente reduce muchas fuentes previas de grasas y calorías en la dieta de una persona con sobrepeso, por lo que la pérdida de peso generalmente se experimenta desde el principio. Sin embargo, junto con esta ventaja en los pros y los contras de la dieta Atkins, a menudo viene la desventaja de que solo se pierde el «peso del agua», por lo que es posible que no se quede fuera. En el lado profesional, los diabéticos pueden lograr un mejor control del azúcar ya que la regulación de la insulina es más fácil en el cuerpo con una dieta baja en carbohidratos. Por otro lado, los diabéticos y otras personas propensas al estreñimiento pueden ser aún peores, ya que comer suficiente fibra a menudo es difícil para muchas personas que siguen la dieta Atkins. Como las fuentes de proteínas como la carne no son limitadas, las personas que hacen dieta pueden elegir una segunda porción de un alimento lleno de proteínas en lugar de incluir cantidades apropiadas de vegetales ricos en fibra como parte de su comida.
Como los carbohidratos se deben evitar tanto como sea posible en el plan Atkins, tampoco se incluyen las fuentes integrales de fibra. Para sustituir la falta de granos, las personas que hacen dieta Atkins consumen más alimentos con proteínas, como carnes y quesos, ya que las porciones no son limitadas. La gran cantidad de alimentos ricos en proteínas de origen animal generalmente significa una abundancia de grasas saturadas que está relacionada con la mala salud del corazón y también puede afectar el estado de los riñones. Por otro lado, como se desalientan los carbohidratos, las personas que hacen dieta Atkins no consumen una gran cantidad de calorías y grasas de los alimentos «vacíos» o «basura» como las papas fritas y las galletas. Otros pros y contras de la dieta Atkins se refieren al tema de los nutrientes.
Si las personas que hacen dieta Atkins comen grandes porciones de proteínas y cantidades más pequeñas de verduras, así como alimentos muy limitados de grano entero, es probable que haya una escasez de nutrientes esenciales. Muchos médicos y nutricionistas aconsejan que tomar multivitaminas no sea un buen sustituto para obtener nutrición de fuentes alimenticias. Los pros y los contras de la dieta Atkins a menudo incluyen proteínas, hierro y calcio más que suficientes, pero una cantidad insuficiente de muchas otras vitaminas y minerales necesarios para una buena salud.